Peamine erinevus atsetüül CoA ja atsüül CoA vahel on see, et atsetüül CoA (või atsetüülkoensüüm A) aitab valkude, süsivesikute ja lipiidide ainevahetust, atsüül CoA (või atsüülkoensüüm A) aga rasvhapete ainevahetust.
Atsetüül CoA on väga kasulik atsetüülrühma toimetamisel Krebsi tsüklisse energia tootmiseks. Atsetüülrühm on funktsionaalne rühm, mille keemiline valem -C (O) CH 3. Atsüülrühm on ka funktsionaalne rühm keemilise valemiga –C (O) R, kus R rühm on rasvhapete kõrvalahel. See on kasulik energia tootmisel atsetüül-CoA-ks muundamise teel.
