Peamine erinevus insertsioonivektorite ja asendusvektorite vahel on see, et insertsioonivektoril on võime sisestada mõõduka pikkusega võõrast DNA-d, samas kui asendusvektoril on võimalus mahutada suuremaid võõraid DNA-sid.
Faagivektorid on kloonimiseks kasutatavad bakteriofaagid. Faagivektoreid on kahte tüüpi; need on sisestusvektor ja asendusvektor. Samuti koosnevad kõik faagivektorid mitteolulistest geenidest. Uute võõra DNA sisestuste hõlbustamiseks tuleb need geenid faagidelt eemaldada.