Peamine erinevus aeroobsete ja anaeroobsete mikroorganismide vahel on hapniku vajadus aeroobsete mikroorganismide ellujäämiseks, samas kui see pole anaeroobsete mikroorganismide jaoks. See tähendab, et aeroobsed mikroorganismid vajavad aeroobse hingamise ajal hapnikku kui nende lõplikku elektroniaktseptorit, samas kui anaeroobsed mikroorganismid ei vaja rakuhingamiseks hapnikku.
Vastus hapnikule on mikroorganismide klassifitseerimise aeroobseks ja anaeroobseks aluseks. Seetõttu on neil mikroorganismidel raku hingamise ajal oma funktsioonide täitmiseks erinevad omadused. Seetõttu läbivad aeroobsed mikroobid aeroobse hingamise, anaeroobsed mikroobid aga anaeroobse hingamise.
