Peamine erinevus maltoosi ja isomaltoosi vahel on see, et maltoosil on kaks glükoosiühikut, mis on omavahel ühendatud alfa 1-4 sideme kaudu, samas kui isomaltoosil on kaks glükoosiühikut, mis on omavahel ühendatud alfa 1-6 sideme kaudu.
Maltoos on disahhariid. See tähendab, et sellel on kaks suhkruühikut üksteisega ühendatud. Maltoosi ja isomaltoosi puhul on suhkruühik glükoosi molekul. Seetõttu erinevad need disahhariidide vormid üksteisest vastavalt kahe glükoosiühiku keemilisele sidemele. Mõlemad suhkruvormid on aga redutseerivad suhkrud.
