Peamine erinevus isopentaani ja neopentaani vahel on see, et isopentaan sisaldab neljaliikmelist süsinikuahelat, mille ahela teises süsinikuaatomis on üks ahelaga seotud metüülrühm, samas kui neopentaan sisaldab ühte süsinikukeskust nelja metüülrühmaga.
Isopentaan ja neopentaan on üksteise struktuursed isomeerid. Seetõttu on mõlemal nimetatud ühendil sama keemiline valem; C 5 H 12. Kuid isopentaani ja neopentaani erinevuse tõttu nende keemilistes struktuurides on neil erinevad keemilised ja füüsikalised omadused. Teine märkimisväärne erinevus isopentaani ja neopentaani vahel on see, et isopentaan eksisteerib värvitu vedelikuna, samal ajal kui neopentaan on värvitu gaas standardsel temperatuuril ja rõhul.
