Peamine erinevus koensüümi ja kofaktori vahel on see, et koensüümid on orgaanilised molekulid, samas kui kofaktorid võivad olla kas orgaanilised või anorgaanilised molekulid.
Ensüümid on olulised bioloogilised makromolekulid. Need on bioloogilised katalüsaatorid, mis suurendab bioloogiliste reaktsioonide kiirust väga kergetes tingimustes. Pealegi on ensüümid valgud; seega, kui neid mõjutavad kõrge kuumuse, soola kontsentratsiooni, mehaaniliste jõudude, orgaaniliste lahustite ja kontsentreeritud happe või aluse lahused, siis kipuvad nad denatureeruma. Mõnikord vajavad ensüümid konkreetse funktsiooni täitmiseks mõne teise molekuli või iooni tuge. Sellised molekulid on koensüümid ja kofaktorid.
