Peamine erinevus domineerivate ja retsessiivsete alleelide vahel on see, et domineerivad alleelid on alleelid, mis annavad fenotüübi, varjates teist fenotüüpi, samas kui retsessiivsed alleelid on alleelid, mille domineeriv alleel surub alla.
Tavaliselt sisaldab kromosoom mitmeid geene ja need eksisteerivad kindlates kohtades. Kui homoloogilistes kromosoomides on geenid samas kohas, on neil väidetavalt sama lookus. Kuna need geenid paiknevad ema ja isa kromosoomi samas lookuses, on neil geenidel sama omadus. Need on geeni alternatiivsed vormid; nimetame neid alleele. Alleelid võivad olla domineerivad või retsessiivsed. Domineeriv alleel annab alati selle kodeeritud fenotüübi, samas kui retsessiivne alleel annab fenotüübi ainult siis, kui see esineb homosügootses olekus. Tegelikult on domineerimine ja retsessiivsus kahe alleeli fenotüüpne korrelatsioon.
