Peamine erinevus maksimaalse parsimoonia ja maksimaalse tõenäosuse vahel sõltub fülogeneetilise puu väljatöötamisel kasutatud meetodist. Maksimaalne parsimoonia keskendub filogeneetilise puu ehitamise käigus kogu tegeliku seisundi minimeerimisele, maksimaalne tõenäosus on aga fülogeneetilise puu joonistamisel statistiline lähenemisviis sõltuvalt geneetiliste andmete tõenäosusest.
Fülogenees on uudne lähenemisviis organismide klassifitseerimisele ja nomenklatuurile. Fülogenees tugineb geneetilistele andmetele ja evolutsioonilistele suhetele. Geneetilised andmed on DNA järjestamise tulemus. Fülogeneesis toimub organismide klassifitseerimine ühise eellase põhjal. Maksimaalne parsimoonia ja fülogeneetilise suhte maksimaalne tõenäosus suurendavad fülogeneetilise puu täpsust ja usaldusväärsust.
