Peamine erinevus UPGMA ja naabriga puuga liitumise vahel on igast meetodist tulenev fülogeneetilise puu tüüp. UPGMA on juurdunud fülogeneetilise puu ehitamise tehnika, samas kui naabriga liituv puu on juurdumata fülogeneetilise puu ehitamise tehnika.
Fülogeneetilised puud on puulaadsed diagrammid, mis näitavad evolutsioonilisi suhteid organismide vahel. Fülogeneetilisel puul võib olla erinev topoloogia, sõltuvalt puu ehitamiseks kasutatavast tehnikast. UPGMA ja naabriga liituv puu on kaks peamist meetodit, mis ehitavad fülogeneetilisi puid.
