Peamine erinevus tsentromere ja kromomeeri vahel on see, et tsentromeer on ahenenud piirkond, mis ühendab kromosoomis sõsarkromatiide, samas kui kromomeer on lineaarselt paigutatud helmestega sarnane struktuur, mis paikneb kromosoomi pikkuses.
Kromosoom on niiditaoline struktuur, mis koosneb nukleiinhapetest ja valkudest. Need sisaldavad organismi geneetilist teavet. Kromosoomis on mitu erinevat piirkonda, sealhulgas kromatiidid, tsentromeer, kromomeer ja telomeer. Tsentromeer on nähtav kitsenduspunkt kromosoomis. See ühendab õekromatiidid ja on oluline rakkude jagunemise ajal. Seevastu kromomeerid on tihedalt keerdunud kromatiin, mis on kromosoomi pikkuses. Need ilmuvad helmestena nöörile. Nad kannavad pärimise ajal geene.