Peamine erinevus sünteeni ja kollineaarsuse vahel seisneb selles, et sünteenia on geneetiliste lookuste füüsiline koos lokaliseerimine liikide samas kromosoomis, samas kui kollineaarsus on sama kromosoomi geneetiliste lookuste füüsiline koos lokaliseerimine erinevates liikides, säilitades samas järjekorras.
Süntenia ja kollineaarsus on kaks terminit, mida kasutatakse genoomikas vaheldumisi. Mõlemad terminid kirjeldavad erinevate liikide kromosoomide geenide lokaliseerimismustreid. Need seotud taksonite geenikorraldused on väärtuslik teave geenide jagatud esivanemate järeldamisel. Süntenia viitab geneetiliste lookuste füüsikalisele koos lokaliseerimisele liikides samas kromosoomis. Kolineaarsus viitab geneetiliste lookuste füüsikalisele koos lokaliseerimisele samas kromosoomis eri liikides, säilitades samas järjekorras. Seetõttu on see sünteeni vorm.
