Peamine erinevus sugupuu ja karüotüübi vahel seisneb selles, et sugupuu on konkreetse tunnuse pärilikkuse mustri esitus sama perekonna liikmete seas, samas kui karüotüüp on diagramm, mis näitab inimese kromosoomide arvu ja struktuuri rakutuumas.
Sugupuu esindab konkreetse tunnuse perekonna ajalugu, eriti geeni pärandit. Karüotüüp on diagramm, mis näitab indiviidi rakutuumas kromosoomide arvu ja struktuuri. See näitab valguse mikroskoobi all teavet kromosoomide arvu, suuruse, kuju, tsentromeeriasendi kohta jne. Nii sugupuu kui ka karüotüüp annavad olulist teavet geneetiliste haiguste kohta.
