Peamine erinevus - genotüpiseerimine vs järjestamine
Genotüpiseerimine ja sekveneerimine on kaks meetodit, mida kasutatakse teabe saamiseks peamiselt organismi DNA nukleiinhapete kohta. Peamine erinevus genotüpiseerimise ja sekveneerimise vahel seisneb selles, et genotüpiseerimine on protsess, mille abil määratakse markerite abil, milline geneetiline variant isendil on, samas kui sekveneerimine on DNA antud fragmendis oleva nukleotiidjärjestuse õige järjekorra määramine.
SISU
1. Ülevaade ja peamine erinevus
2. Mis on genotüpiseerimine
3. Mis on järjestamine
4. Kõrvuti võrdlus - genotüüpide määramine vs järjestamine
5. Kokkuvõte
Mis on genotüüpimine?
Genotüüpimine on indiviidi geneetilise koostise määramine DNA järjestuse ja markerite abil ning selle pärilikkuse võrdlemine ja tuvastamine. Genotüüpimine on oluline evolutsioonibioloogias, populatsioonibioloogias, taksonoomias, ökoloogias ja organismide geneetikas. Seda saab läbi viia erinevate tehnikatega, sealhulgas DNA järjestamine, polümeraasi ahelreaktsioon, restriktsioonifragmentide pikkuse polümorfism (RFLP), juhuslik amplifitseeritud polümorfne tuvastamine, amplifitseeritud fragmendi pikkuse polümorfism (AFLP), DNA mikrokiibid jne.
Genotüpiseerimine hõlmab DNA järjestuste väikeste fragmentide sekveneerimist ja geneetilise koostise seose leidmist teiste isikutega, kasutades geneetilisi markereid. See määrab üksikute nukleotiidide polümorfismid (SNP) üksikisikute või spetsiifiliste alleelide seas. Genotüpiseerimine on rakendatav paljude organismide, sealhulgas inimeste puhul. See on rakendatav ka mikroorganismidele, nagu viirused, seened jne, ja seda saab kasutada nende geneetiliste variantide määramiseks võrdlusprofiilidega. Molekulaarepidemioloogias ja kohtuekspertiisi mikrobioloogias kontrollitakse patogeene, eriti mikroorganisme, genotüpiseerimise teel saadud teabe abil. Genotüüpimine on sugupuu analüüsimisel väga oluline. Emaduse ja isaduse kinnitamiseks genereeritakse inimesed. Genotüüp paljastab geenide domineerivad ja retsessiivsed alleelid, mis otsustavad spetsiifiliste tunnuste üle.
Joonis_1: RFLP genotüüpimine
Mis on järjestamine?
Järjestamine on DNA või RNA fragmendis oleva nukleotiidi õige järjestuse määramise protsess. Praktiliselt kogu organismi kasvuks ja arenguks vajalik teave on kodeeritud selle genoomi. Mõnesaja nukleotiidi pikkade nukleiinhapete fragmentide tootmise ja eraldamise tehnikate kättesaadavus viis protseduuride väljatöötamiseni, et määrata kindlaks DNA või RNA fragmendi täpne nukleotiidjärjestus. Tänapäeval on saadaval erinevad sekveneerimismeetodid. Need sekveneerimismeetodid koos kogu organismi genoomi esindavate genoomiraamatukogude loomise tehnoloogiatega hõlbustavad kogu organismi genoomi sekveneerimist, tehes geenistruktuuride, geenifunktsioonide, geenipaigutuste, geeniekspressioonide süvaanalüüsi. geenide kaardistamine, geenide reguleerimise piirkonnad jne
Paljude viiruste, mitme bakteri, arheebakteri, pärmi ja mitmete teiste organismide kogu genoomid on järjestatud ja kaardistatud. Inimgenoomiprojekt on võimaldanud järjestada ja kaardistada kogu inimese genoomi ning avaldada selle esimene mustand 2003. aastal. See on oluline verstapost bioloogia arengus. Inimese genoomijärjestusi kasutatakse nüüd meditsiinisektoris haruldaste haiguste geneetiliste põhjuste väljaselgitamiseks, vastsündinute haigestumisriskide väljaselgitamiseks, erinevate vähivormide geneetiliste detailide tuvastamiseks, uute ravimeetodite väljatöötamiseks ja uute diagnostikavahendite väljatöötamiseks jne.
Taimemaailmas on järjestatud riisi genoom ja Arabidopsise genoomid. Nende järjestuste tundmine muudab kahtlemata meie arusaama rakkude ja organismide toimimisest.
Joonis_2: laulja sekveneerimise autoradiograaf
Mis vahe on genotüüpimisel ja järjestamisel?
Erinev artikkel keskel enne tabelit
Genotüüpimine vs järjestamine |
|
| Genotüpiseerimine on üksikisiku geneetilise koostise määramise ja rühma või selle organismi taksonoomia kontrollimise protsess. | Järjestamine on antud DNA või RNA fragmendi nukleotiidide täpse järjekorra määramise protsess. |
| Tehnikad | |
| RFLP, geenide järjestamine, PCR, DNA mikrokiibid, AFLP jne. | Sangeri järjestamine, Gilberti järjestamine, pürosekveneerimine, järgmise põlvkonna järjestamine, jahipüssi järjestamine jne |
| Suuremad mured | |
| See on rohkem mures selle pärast, kas genotüübi erinevused annavad tegelikud fenotüübi erinevused. | See on rohkem mures nukleotiidide järjestuse ning selle erinevuste ja muutuste suhtes teiste organismidega. |
Kokkuvõte - genotüüpimine vs järjestamine
Genotüüpide määramine ja järjestamine on kasulik organismide geneetilise teabe uurimiseks. Genotüüpimine on üksikisikute genotüübi variatsioonide määramise ja nende kategooriate leidmise protsess. Järjestamine on protsess huvitatud fragmendi või DNA piirkonna nukleotiidide õige järjekorra määramiseks. Mõlemad meetodid annavad olulist teavet geenide ja genoomide kohta.
