Peamine erinevus sarnasuse ja identiteedi vahel järjestuse joondamisel on see, et sarnasus on kahe järjestuse sarnasus (sarnasus) võrreldes samasusega, samas kui identiteet on märkide arv, mis sobivad täpselt kahe erineva järjestuse vahel.
Bioinformaatika on interdistsiplinaarne teadusvaldkond, mis hõlmab peamiselt molekulaarbioloogiat ja geneetikat, arvutiteadust, matemaatikat ja statistikat. Järjestuse joondamine on bioinformaatika peamine mõiste. See on protseduur, milles järjestatakse DNA, RNA või valgu järjestused, et tuvastada sarnasuspiirkondi, mis on järjestuste funktsionaalse, struktuurse või evolutsioonilise suhte tagajärg. Joondamise lõpus esitatakse need maatriksi ridadena. Järjestikuste kolooniate identsete märkide joondamiseks on jääkide vahel sisestatud tühimikke.
