Peamine erinevus homoloogia ja bioinformaatika sarnasuse vahel on see, et homoloogia viitab väitele kahe järjestuse levinud evolutsioonilise esivanema kohta, samas kui sarnasus viitab kahe järjestuse sarnasuse astmele.
Bioinformaatika on teadusvaldkond, mis ühendab bioloogiliste andmete analüüsimiseks ja tõlgendamiseks bioloogia, infotehnoloogia, arvutiteaduse, matemaatika ja statistika. Homoloogia ja sarnasus on kaks terminit, mida me bioinformaatika valdkonnas kasutame. Saame hõlpsalt arvutada sarnasuse protsentides sarnastest jääkidest joonduse etteantud pikkuse ulatuses. Siiski ei saa me homoloogiat arvutada, kuna see võib olla tõene või vale ning sõltub tavaliselt kasutatud hüpoteesist.
