Peamine erinevus - YAC vs BAC vektorid
Molekulaarses kloonimises kasutatakse vektoreid. Vektorit saab määratleda kui DNA molekuli, mis käitub kandurina võõrkehalise materjali kandmiseks teise rakku. Võõr-DNA-d sisaldav vektor on tuntud kui rekombinantne DNA ja see peaks olema võimeline seda paljundama ja ekspresseerima peremeesorganismis. Pärmi tehiskromosoom (YAC) ja bakterite kunstlik kromosoom (BAC) on kahte tüüpi kloonimisega seotud vektorid. Peamine erinevus YAC ja BAC vahel on see, et YAC on kunstlikult loodud vektorisüsteem, mis kasutab pärmseente kromosoomi konkreetset piirkonda, et sisestada pärmirakkudele suuri geneetiliste materjalide segmente, samas kui BAC on kunstlikult loodud vektorisüsteem, mis kasutab E. coli kromosoomi konkreetset piirkonda suurte DNA segmentide sisestamiseks E. coli rakkudesse.
SISU
1. Ülevaade ja peamised erinevused
2. Mis on YAC vektorid
3. Mis on BAC vektorid
4. Kõrvuti võrdlus - YAC vs BAC vektorid
5. Kokkuvõte
Mis on YAC vektorid?
YAC (pärmi kunstlik kromosoom) on kunstlikult ehitatud kromosoom, millel on võime kanda suurt osa võõrast DNA-d ja paljuneda pärmirakkudes. Sellel on nii tsentromeer, telomeerid kui ka autonoomselt korduvad järjestused, mis on olulised replikatsiooni ja stabiilsuse tagamiseks. YAC-il peaks olema ka selektiivne marker või markerid ja restriktsioonikohad, et muuta see efektiivseks kloonimisvektoriks. Suure järjestuse vahemikus 1000 kb kuni 2000 kb saab sisestada YAC-i ja viia pärmi. YAC-i muundamise efektiivsus on väga madal.
Joonis 01: YAC-vektor
Mis on BAC-vektorid?
Bakteriaalne kunstlik kromosoom (BAC) on kunstlikult konstrueeritud kromosoom molekulaarse kloonimise jaoks. Sellel on E. coli F plasmiidi spetsiifilised piirkonnad ning see on ümmargune ja ülimähistatud. BAC on välja töötatud DNA fragmentide kloonimiseks bakteritele, eriti E. coli'le. See võib kanda DNA fragmente suurusega kuni 300 kb. Võrreldes YAC-iga on BAC-i kloonimissertifikaadid väiksemad. BAC-id töötati välja 1992. aastal ja see on oma stabiilsuse ja ehituse lihtsuse tõttu endiselt populaarne. BAC-id on kasulikud ka vaktsiinide väljatöötamisel.
Joonis 02: BAC-vektor molekulaarses kloonimises
Mis vahe on YAC ja BAC vektoritel?
Erinev artikkel keskel enne tabelit
YAC vs BAC vektorid |
|
| YAC on geneetiliselt muundatud kromosoom, milles kasutatakse kloonimiseks pärmi DNA-d. | BAC on geneetiliselt muundatud DNA molekul, mis kasutab kloonimiseks E. coli DNA-d. |
| Sugu | |
| YAC-id kavandati suurte genoomse DNA fragmentide kloonimiseks pärmi. | BAC-id töötati välja suurte genoomsete fragmentide kloonimiseks Escherichia coli. |
| Sisesta pikkus | |
| YAC-d võivad sisaldada megabaasi suuruseid genoomseid lisandeid. (1000 kb - 2000 kb). | BAC-de abil saab sisestada 200–300 kb või vähem. |
| Ehitus | |
| YAC DNA-d on raske tervena puhastada ja YAC vektorisüsteemi genereerimiseks on vaja suurt kontsentratsiooni. | BAC-i on tervena lihtne puhastada ja seda saab hõlpsasti konstrueerida. |
| Kimäärism | |
| YAC-id on sageli kimäärsed. | BAC-id on harva kimäärsed. |
| Stabiilsus | |
| YAC on ebastabiilne. | BAC on stabiilne. |
| Muudatused | |
| Pärmi rekombinatsioon on väga teostatav ja jääb alati aktiivseks. Seega võib see YAC-is genereerida kustutusi ja muid ümberkorraldusi. | E. coli rekombinatsioon on ära hoitud ja vajadusel lülitatakse see sisse. Seega vähendab see BAC-ide soovimatuid ümberkorraldusi. |
| Hooldus | |
| Rekombinantsete YAC-idega manipuleerimine nõuab YAC-i edasiseks manipuleerimiseks tavaliselt E. coli. Seega on see töömahukas protsess. | BAC modifikatsioon toimub otse E. colis. Seega pole DNA ülekandmist vaja. Seega pole protsess töömahukas. |
Kokkuvõte - YAC vs BAC vektorid
YAC on muutunud oluliseks uurimisvahendiks kloonimisprotsessides tänu oma võimele kloonida suuri DNA fragmente peremeesorganismi. Kuid YAC-del on vektoritena mitmeid puudusi, näiteks ehitusraskused, kimäärism, ebastabiilsus jne. Seetõttu on teadlased nende probleemide ületamiseks välja töötanud BAC vektorid. BAC on konstrueeritud, kasutades E. coli kromosoomi spetsiifilisi piirkondi. See on stabiilne vektor ja seda saab hõlpsasti konstrueerida. Kuid BAC-ga toime tuleva DNA pikkus on kuni 20 korda väiksem kui YAC-il. See on erinevus YAC ja BAC vektorisüsteemide vahel. Tänapäeval eelistatakse laborites YAC-i asemel rohkem BAC-i.
