Peamine erinevus endopeptidaasi ja eksopeptidaasi vahel seisneb selles, et endopeptidaas lõhub peptiidsidemeid valgumolekulides, samas kui eksopeptidaas lõikab peptiidsidemeid valgumolekulide otstes.
Valgud on olulised makromolekulid, mis on olulised enamikes kõigis organismides esinevate biokeemiliste reaktsioonide jaoks. Erinevad aminohapped liituvad omavahel ja moodustavad need valgud. Lisaks katalüüsivad ensüümid valkude hüdrolüüsi tagasi aminohapeteks. Need on spetsiifilised ensüümid, mida nimetatakse proteaasideks või peptidaasideks. Seetõttu on neil võime lõhustada valkude peptiidahelad aminohapeteks. Pealegi võivad peptidaasid olla endopeptidaasid või eksopeptidaasid.
