Peamine erinevus otsese ja kaudse immunofluorestsentsi vahel on see, et otseses immunofluorestsentsis kasutatakse ühte antikeha, mis töötab huvipakkuva sihtmärgi vastu, samas kui kaudne immunofluorestsents kasutab huvipakkuva sihtmärgi märgistamiseks kahte antikeha.
Immunofluorestsents ehk rakupildistamine on tehnika, mida kasutatakse konkreetse märklaud-antigeeni fluorofooriga märgistamiseks. Siin on fluorofoor fluorestseeruv keemiline ühend, mis võib valguse ergastamisel uuesti valgust välja anda. Kui fluorofoor seondub märklaudantigeeniga, võimaldab see proovis sihtmärkmolekuli tuvastada. Selle kirjeldamiseks võib antigeen seondudes konkreetse antikehaga olla konjugeeritud fluorofooridega. Seega on fluorestsentsmikroskoobi all vaatluse teel proovis märgata sihtantigeeni olemasolu.
Pealegi on immunofluorestsentsi kahte tüüpi; otsene ja kaudne immunofluorestsents. Otsese ja kaudse immunofluorestsentsi erinevus seisneb peamiselt kasutatud antikehade arvus ja fluorofoori konjugatsioonis. See tähendab, et otsese immunofluorestsentsi korral konjugeeritakse fluorofoor otse primaarse antikehaga, samas kui kaudse immunofluorestsentsi korral konjugeeritakse fluorofoor sekundaarse antikehaga.
