Peamine erinevus zooplanktoni ja fütoplanktoni vahel on see, et zooplankton on heterotroofne mittefotosünteesiv plankton, mis on kas algloom või loom, samal ajal kui fütoplankton on autotroofne fotosünteesiv plankton, mis on kas diatoom, tsüanobakterid või vetikad.
Planktonid on pisikesed organismid, kes elavad ja hõljuvad ookeanides, meredes või mageveekogudes. Enamik neist on mikroskoopilised ja on suuremate loomade jaoks olulised toiduallikad. Planktoneid on kahte põhitüüpi, nimelt zooplankton ja fütoplankton. Zooplanktonid on heterotroofsed ja nende hulka kuuluvad loomad, kes pole võimelised fotosünteesima. Teiselt poolt on fütoplankton fotosünteesiv plankton, mis on autotroofne. Pealegi hoiavad fütoplanktonid energiat fotosünteesi kaudu ning zooplankton ja nekton (veesambas aktiivselt liikuvad suured kehaga loomad) toituvad neist. Inimesed ja teised kiskjad toituvad suures ulatuses nektonist ja mõnest suuremast zooplanktonist. Samuti mõjutavad sellised inimtegevused nagu keskkonnareostus negatiivselt seda fütoplanktonist algavat energiavoogu.
