Peamine erinevus endotoksiini ja eksotoksiini vahel on see, et endotoksiin on lipopolüsahhariid, mis asub bakteriraku seinas, samas kui eksotoksiin on valk, mis eritub bakteriraku välisküljele.
Toksigenees on patogeensete bakterite toksiinide tootmise protsess. See on üks peamisi mehhanisme, mida bakterid haiguste tekitamiseks kasutavad. Bakteriaalseid toksiine on kahte tüüpi: endotoksiinid ja eksotoksiinid. Endotoksiinil ja eksotoksiinil on struktuuriliselt kui ka keemiliselt erinev. Lisaks toimivad nad elusorganismide suhtes erinevalt. Üldiselt on endotoksiinid lipopolüsahhariidid, samas kui eksotoksiinid on valgud.