Peamine erinevus autotroofide ja heterptroofide vahel on see, et autotroofid on organismid, mis saavad süsinikku anorgaanilistest süsinikuallikatest, näiteks süsinikdioksiidist, samas kui heterotroofid on organismid, mis saavad süsiniku orgaanilistest süsinikuallikatest.
Elusorganism võib oma orgaaniliste vajaduste sünteesimiseks kasutada ainult kahte energiaallikat. Need on valgusenergia ja keemiline energia, mis põhineb sellel, et organismidel on kaks peamist rühma, nimelt fototroofid ja kemotroofid. Fototroofid kasutavad energiaallikana valgusenergiat, kemotroofid aga energiaallikana keemilist energiat. Fototroofid on fotosünteesi teostavad organismid. Organismid võivad olla ka autotroofsed või heterotroofsed, sõltuvalt sellest, kas nende süsinikuallikas on orgaaniline või anorgaaniline. Autotroofid kasutavad süsinikuallikana anorgaanilist süsinikku (süsinikdioksiidi), heterotroofid aga orgaanilist süsinikku.
