Peamine erinevus metagenoomika ja metatranskriptoomika vahel sõltub igas piirkonnas uuritud biomolekulide tüübist. Metagenoomika uurib DNA-d, selle järjestusi ja käitumist organismides, metatranscriptics aga uurib transkribeeritud DNA-d, peamiselt mRNA järjestusi ja käitumist organismides.
Metagenoomika ja metatranskriptoomika on kaks valdkonda, mis on aastate jooksul mikroobide kogukonna suhtes palju populaarsust kogunud. Need on olulised tervishoius, tööstuses ja põllumajanduse biotehnoloogias. Nii metagenoomika kui ka metatranskriptoomika võimaldavad uurida kogukonna üksikuid organisme ja nende funktsionaalseid rolle, mis on kas kasulikud või kahjulikud.
