Peamine erinevus BLASTi ja FastA vahel on see, et BLAST on peamine joondustööriist, mis on saadaval Riikliku Biotehnoloogia Teabekeskuse veebisaidil, samas kui FastA on sarnasuse otsimise tööriist, mis on saadaval Euroopa Bioinformaatika Instituudi veebisaidil.
BLAST ja FastA on kaks tarkvara, mida kasutatakse laialdaselt erinevate liikide DNA, aminohapete, valkude ja nukleotiidide bioloogiliste järjestuste võrdlemiseks ja nende sarnasuste otsimiseks. Need algoritmid kirjutati kiirust silmas pidades. Sest kui teadlased suutsid 1980-ndate keskel laboris DNA-d isoleerida, tekitas see vajaduse võrrelda ja leida kiirete edasiste uuringute jaoks identsed geenid. Seega töötati need kaks tarkvara välja nii, et kasutaja saaks kiiresti otsida sarnaseid järjestusi oma päringujärjestustega.
BLAST on Basic Local Alignment Search Tool'i lühend ja kasutab kahe järjestuse võrdlemisel lokaliseeritud lähenemist. FastA on tarkvara Fast, kus A tähistab kõiki. Siin töötab tarkvara selliste tähestikega nagu Fast A DNA järjestamiseks ja Fast P valgu jaoks. Nii BLAST kui ka FastA on genoomide andmebaasi võrdlemisel väga kiired ja on seetõttu rahaliselt väga kasulikud kui ka aja kokkuhoid.
