Peamine erinevus sisse- ja väljalülitamise vahel tugineb transgeensete organismide loomisel kasutatud meetodile. Geeni koputamise korral toimub uue geeni sisestamine, samas kui geeni väljalülitamisel toimub olemasoleva geeni eemaldamine, et luua transgeensed organismid.
Transgeensed organismid on muudetud geneetilise struktuuriga organismid. Rekombinantsed organismid on nende sünonüüm. Enamikul juhtudel sisaldavad transgeensed organismid kasulikke omadusi. Transgeensete organismide loomisel saavad sihtmärgiks geenid. Vastavalt vajadusele saab geeni sisse viia või eemaldada. Geeni koputamine viitab uue geeni sissetoomisele, geeni väljalülitamine aga geeni eemaldamisele.