Peamine erinevus ubikinoonide ja tsütokroomide vahel on see, et ubikinoonid (CoQ) ei ole valgud, samas kui tsütokroomid on valgud.
Elektrooni transpordiahel on aeroobse hingamise viimane etapp. Seetõttu toimub see mitokondrite sisemembraanis. Veelgi enam, see koosneb elektronkandjatest, mis hõlbustavad kogu membraani prootonigradiendi tootmist. Peale NAD ja flavoproteiinide on ubikinoonid ja tsütokroomid kahte tüüpi elektronikandjaid, mis osalevad elektronide transpordiahelas. Ubikinoonid on mittevalgulised lipiidides lahustuvad hüdrofoobsed orgaanilised molekulid, tsütokroomid aga rauda sisaldavad valgud.
