Peamine erinevus X inaktiveerimise ja genoomse jäljendamise vahel on see, et X inaktivatsioon on protsess, mille käigus inaktiveeritakse mõnel naisel üks X kromosoomi koopia, samas kui genoomne jäljend on protsess, mis sõltub päritolu vanemast ja see on protsess, kus geenid on ekspresseeritud erinevalt.
X inaktiveerimine ja genoomne jäljend on kaks protsessi, mis võivad põhjustada monoallelist ekspressiooni. Lihtsamalt öeldes põhjustavad mõlemad nähtused geeni ühe eksemplari väljalülitamise. Genoomne jäljend toimub spetsiifilistes geenides, samas kui X inaktivatsioon põhjustab kogu X kromosoomis geenide inaktivatsiooni. Mõlemad protsessid põhjustavad geeniekspressiooni vähenemist.
