Peamine erinevus genoomse ja plasmiidse DNA vahel on see, et genoomne DNA on organismide, sealhulgas bakterite ellujäämiseks hädavajalik, samas kui plasmiidne DNA pole bakterite ellujäämiseks hädavajalik.
Igal elusorganismil on geneetiline materjal, mis kontrollib selle üldist toimimist. Geneetiline materjal eksisteerib peamiselt kromosomaalse DNA-na. Eukarüootides on genoomne DNA tuuma sees, prokarüootides aga genoomne DNA tsütoplasmas. Peale kromosomaalse DNA või genoomse DNA on mõnel organismil, sealhulgas bakteritel, arheedel ja pärmidel, kromosoomiväline DNA, mida nimetatakse plasmiid-DNA-ks. Plasmiidne DNA pole nende organismide igapäevaseks toimimiseks hädavajalik. Kuid need pakuvad neile organismidele täiendavaid eeliseid, kuna see sisaldab mitut olulist geeni. Samuti on oluline märkida, et need geenid pole nii olulised kui genoomses DNA-s esinevad geenid. Niisiis püüab see artikkel arutada genoomse ja plasmiidse DNA erinevust.