Peamine erinevus eksentsefaalia ja anentsefaalia vahel on see, et eksentsefaalia on tsefaalhaigus, mille korral ajukuded paiknevad kolju väljapoole koljuõõne ja peanaha puudumise tõttu. Samal ajal on anentsefaalia peavaluhäire, mida iseloomustab aju, kolju ja peanaha suurema osa puudumine rostraalse neuropoori sulgemise ebaõnnestumise tõttu.
Kaasasündinud häired tekivad raseduse ajal esinevate närvivigade tõttu. Need põhjustavad kõrget suremust, muutes selle seisundi surmavaks. Eksentsefaalia ja anentsefaalia on kaks sellist kaasasündinud häiret kui ka tsefaalhaigust, mida täheldatakse imikutel. Eksentsefaalia korral asub aju väljaspool koljut. Anentsefaalia korral puudub suurem osa ajust, koljust ja peanahast. Eksentsefaaliat peetakse anentsefaalia embrüoloogiliseks eelkäijaks. Kuid eksentsefaalia on anentsefaaliaga võrreldes äärmiselt haruldane seisund.
