Bakterioklorofülli ja klorofülli peamine erinevus seisneb selles, et anoksügeensetel fototroofidel, näiteks lillatel bakteritel, heliobakteritel ja rohelistel väävlit sisaldavatel bakteritel jne, on bakterioklorofülleid, hapnikuga fototroofidel nagu rohelistel taimedel, vetikatel ja tsüanobakteritel aga klorofülleid.
Fotosünteesi on kahte tüüpi; hapnikuga fotosüntees ja anoksügeenne fotosüntees. Samuti on kahte tüüpi fotosünteetilisi pigmente nagu klorofüll ja bakterioklorofüll. Hapnikuga fototroofidel on klorofüll, anoksügeenilistel fototroofidel aga bakterioklorofül. Bakterioklorofüll ja klorofüll on üldises struktuuris sarnased. Kuid need erinevad ringi asenduste ja fütooli saba pikkuse ja asenduste poolest. Klorofülleid on nelja tüüpi, samal ajal kui seitset tüüpi bakterioklorofülleid.
