Peamine erinevus V-tüüpi ja F-tüüpi ATPaasi vahel on see, et V-tüüpi ATPaas töötab ATP-põhise ioonpumbana, samas kui F-tüüpi ATPaas töötab rakkudes ATP-süntaasina.
ATPaas on termin, mis viitab ensüümidele, mis on võimelised ATP hüdrolüüsima. Üldiselt lagundavad ATPaasid ATP-d ja reaktsiooni käigus vabanenud energia kasutatakse töö tegemiseks, kuna ATP on energiavaluuta, mis annab energiat kõikidele rakuprotsessidele. ATP jaotus vajab ATPaase. Seetõttu vähendavad ATPaasid ATP hüdrolüüsi aktivatsiooni energiat. ATPaase on neli peamist tüüpi: F-ATPaasid, V-ATPaasid, A-ATPaasid ja P-ATPaasid. V tüüpi ATPaase leidub peamiselt eukarüootsete rakkude vakuoolides. Seevastu F-tüüpi ATPaase leidub bakterite plasmamembraanides, mitokondrite sisemembraanis ja kloroplastides. Need katalüüsivad ATP hüdrolüüsi või sünteesi sidestades H + (või Na +) transpordiga üle membraani.
