Peamine erinevus O- ja H-antigeeni vahel on see, et O-antigeen on bakterite pinnakatte välimine osa, samas kui H-antigeen on õhuke niiditaoline struktuur, mis on osa lipukestest.
Antigeenid on molekulaarsed äratundmiskohad, mis esinevad paljudes bakterites, seentes, viirustes, tolmuosakestes ja teistes rakulistes ja mitterakulistes osakestes, mille peremeesorganismi immuunsüsteem võiks ära tunda. Üldiselt esineb enamik antigeene raku pinnal. Struktuurselt võivad antigeenid olla valgud, aminohapped, lipiidid, glükolipiidid või glükoproteiinid või nukleiinhappe markerid. Nendel molekulidel on spetsiifiline võime tekitada peremeesorganismis immuunvastust. See immuunvastus tekib antikehade tootmise käivitamise tulemusena.
Antigeene kasutatakse tavaliselt bakterite serotüübi tuvastamise süsteemis. Salmonella on bakterite perekond, millel on palju serotüüpe. Serotüübid on sama liigi mikroorganismide rühmad. Neid serotüüpe saab eristada, kasutades O-antigeeni ja H-antigeeni kombinatsiooni. O antigeen on LPS külgahel, samas kui H antigeen on osa lipukestest.
