Peamine erinevus antigeeni ja patogeeni vahel on see, et antigeen on võõras aine, toksiin või molekul, mis võib stimuleerida immuunvastust, et toota selle vastu antikehi, samas kui patogeen on organism, eriti mikroob, mis nakatab meie keha ja põhjustab haigusi.
Patogeenid on kõik võõrorganismid, mis põhjustavad peremeestaimedes ja loomades haigusi. Antigeen on molekul, mis asub bakterite rakuseinas või organismide kattes. Antigeen põhjustab meie immuunsüsteemil selle vastu antikehade tootmist ja kaitseb meie keha kahjulike võõrorganismide eest.
