Peamine erinevus - T4 vs T7 DNA ligaas
DNA ligaas on oluline ensüüm, mida kasutatakse molekulaarbioloogia tehnikates. See toimib molekulaarliimina nukleotiidide ühendamiseks, moodustades nukleotiidide vahel fosfodiestersidemeid. Fosfodiestersidemed moodustuvad suhkrurühma 3'-hüdroksüülotsaku ja 5'-otsase fosfaatrühma vahel. DNA ligaas on oluline replikatsiooniprotsessis mahajäänud ahela Okazaki fragmentidega liitumiseks ning DNA parandusmehhanismide ja in vitro kloonimiskatsete ajal, et liituda soovitud huvipakkuva geeniga vektorgenoomiga. Praegu on molekulaarbioloogide poolt kasutusel kaks peamist DNA ligaasi: T4 ja T7 DNA ligaasid. T4 DNA ligaas on üks esimesi ensüüme, mis T4 bakteriofaagist eraldati. T7 DNA ligaas, mis on väiksem valk, on T7 bakteriofaagist eraldatud ensüüm. See on peamine erinevus T4 ja T7 DNA ligaaside vahel.
SISU
1. Ülevaade ja peamine erinevus
2. Mis on DNA ligaasi toime
3. Mis on T4 DNA ligaas
4. Mis on T7 DNA ligaas
4. T4 ja T7 DNA ligaasi sarnasused
5. Kõrvuti võrdlus - T4 vs T7 DNA ligaas tabelina
6. Kokkuvõte
Mis on DNA ligaasi toime?
DNA ligeerimine toimub kolmeastmelises reaktsioonis. Esimene samm on nukleofiilne rünnak ATP alfa-fosforile, tekitades kovalentse ensüümi-adenülaadi vaheühendi, milles AMP on seotud lüsiini terminaalse külgahelaga. Teises etapis toimub ensüüm-adenülaadi fosforil 5'-fosfaadiga lõppenud DNA substraadi kaudu nukleofiilne rünnak, vabastades lüsiini ja moodustades DNA-adenülaadi. Viimases etapis ründab DNA-adenülaati teise DNA ahela 3'-OH, vabastades AMP ja ühendades polünukleotiidid.
Mis on T4 DNA ligaas?
T4 ligaas oli esimene Meselsoni, Weigle'i ja Kellenbergeri poolt eraldatud ja identifitseeritud ligaas ning see oli kõigi aegade esimene toodetud kaubanduslik ligaas. T4 DNA ligaas on ATP-st sõltuv ensüüm, mis katalüüsib fosfodiestersideme moodustumist. See on üks polüpeptiidahel, milles on 487 aminohappejääki ja mille molekulmass on umbes 77 kDa. Selle aktiivsuse optimaalne pH jääb vahemikku 7,5–8.
Joonis 01: T4 DNA ligaas
T4 DNA ligaas, nagu nimigi ütleb, esineb bakteriofaagis T4 ja see eraldati, kui faag tootis ensüümi nakatumisel E. coli. Ensüüm ligeerib nüri otsaga kaheahelalised DNA dupleksid ja seonduvad fragmendid peaksid olema üksteise vahetus läheduses.
Mis on T7 DNA ligaas?
T7 ligaas on 41 kDa valk, mida toodab T7 Bakteriophage, ja see eraldatakse nakatades E. coli rakke. T7 ligaasi põhiülesanne on DNA duplekside ligeerimine läbi fosfodiestersidemete ja kloonimiskatsete käigus ühendada lähedalasuvad DNA fragmendid. T7 DNA ligaasi optimaalne pH jääb vahemikku 7,0–7,2. T7 ligaas on ATP-st sõltuv. T7 DNA ligaasid on samuti võimelised anniilima DNA ja RNA hübriide, põhjustades transkriptsiooni ajal ebanormaalseid konformatsioone; seda nähtust uuritakse siiski veel in vitro uuringute abil.
Millised on T4 ja T7 DNA ligaasi sarnasused?
- T4 ja T7 DNA ligaasid osalevad ligeerimisreaktsioonis, lõõmutades DNA dupleksid DNA fragmendi 3'-OH ja 5 'fosfaadi otsa vahelise fosfodiestersideme moodustumise kaudu.
- Mõlemad ensüümid ligeerivad üksteise vahetus läheduses olevaid nüri otsaga DNA duplekse.
- Mõlemad ensüümid sõltuvad ATP-st.
- Need ensüümid eraldatakse, nakatades E. coli rakud konkreetse bakteriofaagiga.
-
Mõlema ensüümi rakendused hõlmavad järgmist:
- Molekulaarne kloonimine - huvipakkuva geeni ligeerimiseks vektoriga
- DNA parandamine - kaheahelaliste niššide parandamiseks
- DNA replikatsioon in vitro
- Ligaasi ahelreaktsioon
Mis vahe on T4 ja T7 DNA ligaasil?
Erinev artikkel keskel enne tabelit
T4 vs T7 DNA ligaas |
|
| T4 DNA Ligaasi tüüpi bakteriofaagist T4 eraldatud DNA ligaas, mis on seotud fosfodiestersideme moodustumise kaudu külgnevate DNA fragmentide ligeerimisega. | T7 DNA Ligaasi tüüpi bakteriofaagist T7 eraldatud DNA ligaas, mis on seotud fosfodiestersideme moodustumise kaudu külgnevate DNA fragmentide ligeerimisega. |
| Valgu suurus | |
| T4 DNA ligaasi suurus on 77 kDa - suurem kui T7 DNA ligaasiga. | T7 DNA ligaasi suurus on 41 kDa. |
| Optimaalne pH | |
| T4 DNA ligaasi töötava pH vahemik on 7,5–8,0. | T7 DNA ligaasi töötava pH vahemik on 7,0–7,2. |
Kokkuvõte - T4 vs T7 DNA ligaas
DNA ligaasid on oluline ensüümide klass, mis osaleb molekulaarses kloonimises huvipakkuvat geeni sisaldavate rekombinantsete DNA molekulide tootmiseks. Ligeerimisreaktsioon on energiat kasutav reaktsioon ja käimas on uudsed uuringud, et parandada täpsust olemasolevate ligaaside moduleerimise kaudu. T4 ja T7 DNA ligaasid on kahte tüüpi olulisi DNA ligaasi ensüüme, mida kasutatakse molekulaarbioloogilistes tehnikates. T7 DNA ligaas on samuti uuringute tulemus, mis põhines T4-ga nakatatud E. coli-st eraldatud primaarsel ligaasil. T7 on oma väiksema suuruse tõttu oma funktsiooni täitmisel tõhusam ja täpsem. See on erinevus T4 ja T7 ligaasi vahel.
Laadige alla T4 vs T7 DNA-ligaasi PDF-versioon
Selle artikli PDF-versiooni saate alla laadida ja kasutada võrguühenduseta eesmärkidel, nagu viidatud märkustele. Laadige siit alla PDF-versioon. Erinevus T4 ja T7 Ligase vahel.
