Peamine erinevus - proteoomika vs transkriptoomika
Oomiline tehnoloogia on praegune suundumus, kus organismi erinevate biomolekulide suhtes vaadeldakse selle omadusi ja funktsioone tervikuna. Oomiiktehnoloogial on lai valik rakendusi. Bioloogilise proovi erinevad omiigid hõlmavad genoomikat, proteoomikat, transkriptoomikat ja metaboloomikat. Proteoomika hõlmab kõigi elusorganismi kõigi valkude täielikku uurimist. Seda määratletakse kui organismi kõigi ekspresseeritud valkude kogumit, selle struktuurseid ja funktsionaalseid omadusi. Seega moodustavad proteoomid kogu valkude komplekt. Transkriptoomika on kõigi elusorganismis esinevate messenger RNA (mRNA) molekulide täielik uurimine. Seega käsitleb transkriptoomika elusorganismis aktiivselt avalduvaid geene. MRNA kogu komplekti elusorganismis nimetatakse transkriptoomiks. Proteoomika ja transkriptoomika peamine erinevus põhineb biomolekuli tüübil. Proteoomikas uuritakse ekspresseeritud valkude kogumit elusorganismis, transkriptoomikas aga elusorganismi kogu mRNA-d.
SISU
1. Ülevaade ja peamised erinevused
2. Mis on proteoomika
3. Mis on transkriptoomika
4. Proteoomika ja transkriptoomika sarnasused
5. Kõrvuti võrdlus - proteoomika vs transkriptoomika tabelina
6. Kokkuvõte
Mis on proteoomika?
Termin proteoomika võeti kasutusele 1995. aastal ja seda määratleti algselt raku, koe või organismi kogu proteiinikomplemendina. Proteoomiliste uuringute edenedes modifitseeriti seda seejärel katusmõisteks, kuhu kaasati palju uurimisvaldkondi. Praegu uuritakse proteoomika teema all valkude struktuuri, suunda, funktsioone, vastastikmõjusid, modifikatsioone, rakendusi ja tähtsust. Seetõttu tehakse proteoomika valdkonnas praegu palju uuringuid.
Escherichia coli valgusisalduse tuvastamiseks tehti esimesed proteoomilised uuringud. Valgu üldsisalduse kaardistamine tehti kahemõõtmeliste (2D) geelide abil. Selle õnnestumisel läksid teadlased üle loomade, näiteks merisigade ja hiirte, kogu valgusisalduse kirjeldamisele. Praegu tehakse inimese valgu kaardistamine 2D geeli elektroforeesi abil.
Proteoomika rakendused
Proteoomika uurimisel on palju eeliseid, kuna valgud on enamiku aktiivsuse juhtivad molekulid valkude katalüsaatori omaduste tõttu. Seega võib täisvalkude uurimine anda teavet organismi tervisliku seisundi kohta. Mõned rakendused on;
- Genoomi märkused: uurides organismi valgusisaldust, saab määrata täpsed aktiivse valguühendi eest vastutavad genoomid. Selle stsenaariumi tagajärjed on kõik genoomika, transkriptoomika ja proteoomika on olulised.
- Haiguse kindlakstegemine / diagnostika: haigusseisundi tuvastamisel kasutatakse proteoomikat tervete ja haigete võrdlemisel
- Katse käigus uuritud valgu ekspressiooni teostamiseks.
- Valgu modifitseerimine ja koostoimeuuringud: Valkude kasutamiseks in vitro tingimustes või in vivo tingimustes, et otsustada nende ekstraheeritud valkude säilitamistingimused ja uurida valgu käitumist in vitro, in vivo ja in-silico meetodites.
Joonis 01: Proteoomika
Proteoomikaga on seotud erinevad tehnikad
- Üldvalgu ekstraheerimine ja valkude eraldamine 2D geelelektroforeesi abil. Valke saab eraldada ka kõrgefektiivse vedelikkromatograafia (HPLC) abil.
- Ekstraheeritud valkude järjestamine, kasutades selliseid meetodeid nagu Edmundi sekveneerimismeetod või massispektromeetria.
- Kui järjestused on tuvastatud, analüüsitakse valgusisalduse struktuurilisi ja funktsionaalseid omadusi, kasutades arvutipõhist tarkvara ja bioinformaatika tööriistu.
Mis on transkriptoos?
Transkriptsioonitermin võeti kasutusele hiljuti. Transkriptoonika on organismi kogu mRNA sisalduse uurimine. Kogu mRNA on ekspresseeritud DNA elusorganismis või rakus. MRNA täielikku kollektsiooni nimetatakse transkriptoomiks.
Transkriptsiooni analüüsimise sammud hõlmavad
- RNA ekstraheerimine, mRNA eraldamine kolonngeelikromatograafia abil polü-DT helmestega.
- Tehakse mRNA järjestamine.
Microarray tehnoloogia on üks levinum viis organismi transkriptoomi tuvastamiseks. Mikroraietehnika hõlmab sondplaati, millel on transkriptoomi täiendavad ahelad. Hübridiseerimisel saab organismis või rakkudes esinevat mRNA-d iseloomustada.
Joonis 02: Transkriptoomilised võtted
Transkriptoomiat kasutatakse nüüd meditsiinivaldkonnas laialdaselt. Haiguste diagnostika ja haiguste profileerimine on peamised valdkonnad, kus transkriptoomikat kasutatakse. Organismi transkriptoomi analüüsides saab tuvastada võõra mRNA ja nakkuste esinemise korral selle. Mittekodeerivat RNA-d saab eraldada transkriptootiliste tehnoloogiate abil. Samuti saab jälgida geenide ekspressiooni erinevate keskkonnastresside all.
Millised on proteoomika ja transkriptoomika sarnasused?
- Mõlemad moodustavad osa omikatehnoloogia kontseptsioonist.
- Mõlemat kasutatakse haiguse diagnoosimisel ja organismi haiguse iseloomustamisel.
- Mõlemad uurimisvaldkonnad hõlmasid biomolekuli ekstraheerimist, biomolekuli eraldamist ja sekveneerimise etappe.
Mis vahe on proteoomika ja transkriptoomika vahel?
Erinev artikkel keskel enne tabelit
Protemics vs Transcriptomics |
|
| Proteoomika hõlmab kõigi elusorganismi valkude täielikku uurimist. | Transkriptoomika on kõigi elusorganismis esinevate messenger RNA (mRNA) molekulide täielik uurimine. |
| Uuriti biomolekuli tüüpi | |
| Valke uuritakse proteoomikas. | mRNA-d uuritakse transkriptoomikas. |
| Uuritud tegurid | |
| Proteoomikas uuritakse valkude struktuuri, funktsioone, koostoimeid, modifikatsioone ja rakendusi. | Transkriptoomias uuritakse järjestuse struktuuri, koostoimeid keskkonnaga ja mRNA rakendusi. |
Kokkuvõte - proteoomika vs transkriptoonika
Omics mängib olulist rolli eluteaduste valdkonnas. Proteoomika viitab proteoomi uurimisele, mis moodustab rakus või organismis valkude täielikud kogud. Transkriptoomika viitab transkriptoomi uurimisele, mis on mRNA kujul ekspresseeritud DNA täielik komplekt. Kaks uurimisvaldkonda, proteoomika ja transkriptoomika, tuletati pärast genoomika kasutuselevõttu ja neid kasutatakse praegu laialdaselt meditsiinilises diagnostikas ning organismide iseloomustamisel ja skriinimisel. See on erinevus proteoomika ja transkriptoomika vahel.
Laadige alla Proteomics vs Transcriptomics PDF
Selle artikli PDF-versiooni saate alla laadida ja kasutada võrguühenduseta eesmärkidel, nagu tsiteeritud. Laadige PDF-versioon alla siit: Erinevus proteoomika ja transkriptoomika vahel
