Peamine erinevus cis- ja trans-rasvhapete vahel on see, et cis-rasvhapetel on kaks vesiniku aatomit, mis on seotud kaksiksidemega süsinikuahela samal küljel, samas kui trans-rasvhapetel on kaks vesinikuaatomit seotud kaksiksidemega vastupidises süsinikuahela küljed.
Rasvhapped on karboksüülhapped, mis sisaldavad kas küllastunud või küllastumata pikki alifaatseid süsinikuahelaid. See tähendab, et alifaatne ahel võib sisaldada või mitte sisaldada kaksiksidemeid süsinikuaatomite vahel. Cis ja trans-rasvhapped on küllastumata rasvhapete kaks vormi.
