Peamine erinevus filtreerimise ja puhastamise vahel on see, et filtreerimine on tehnika, mis eraldab tahked ained vedelikest läbi filtreerides vedeliku läbi barjääri, samas kui puhastamine on protsess, mille käigus soovimatud komponendid eraldatakse vedelikust erinevate tehnikate, näiteks filtreerimise ja desinfitseerimise abil.
Filtreerimine on puhastustehnika, milles kasutame barjääri, mille kaudu saab vedeliku välja filtreerida. See eemaldab vedelikus olevad tahked komponendid. Puhastamine on väga lai mõiste, milles saame arutada lisaks filtrimisele erinevaid meetodeid, mis on kasulikud proovi puhastamisel.