Peamine erinevus dekanteerimise ja filtreerimise vahel seisneb selles, et dekanteerimisel eraldatakse segus kaks komponenti, valades ühe komponendi, filtreerimisel aga kaks komponenti, filtreerides ühe komponendi.
Nii dekanteerimine kui ka filtreerimine eraldavad raskusjõu mõjul vedeliku ja tahke segu või kahe segunemata vedeliku segus kaks komponenti. Filtreerimisel kasutatakse selleks eraldamiseks siiski filterpaberit või mõnda muud sobivat filtrit. Kuid dekanteerimine on lihtsalt vedeliku valamine tahke aine või segus oleva muu vedeliku eraldamiseks. Seetõttu on filtreerimine kõige täpsem meetod kahest, kuid mõnel juhul on kasulik ka dekanteerimine.
