Peamine erinevus fotosüsteemi 1 ja fotosüsteemi 2 vahel on see, et fotosüsteemil 1 on reaktsioonikeskus, mis koosneb klorofüllist P700 molekulist, mis neelab valgust lainepikkusel 700 nm. Teisest küljest on fotosüsteemil II reaktsioonikeskus, mis sisaldab klorofülli P680 molekuli, mis neelab valgust lainepikkusel 680 nm.
Fotosüsteemid on klorofülli molekulide, abipigmendi molekulide, valkude ja väikeste orgaaniliste ühendite kogum. Seal on kaks peamist fotosüsteemi; fotosüsteem I (PS I) ja fotosüsteem II (PS II), mis esinevad taimede kloroplastide tülakoidmembraanides. Mõlemad viivad läbi fotosünteesi kerge reaktsiooni. Seega vajavad taimed sisuliselt mõlemat fotosüsteemi. Selle põhjuseks on asjaolu, et veest eralduvad elektronid vajavad rohkem energiat kui valguse poolt aktiveeritud fotosüsteem, mida ma suudan pakkuda. Sellest tulenevalt suudab fotosüsteem II neelata lühema lainepikkusega (suurema energiaga) valgust ja seonduda tandemina PS I-ga, võimaldades mittetsüklilist elektronide voogu.
