Peamine erinevus dyneiini ja kinesiini vahel on see, et dyneiin on tsütoskeleti motoorne valk, mis liigub mikrotuubulite miinus-otsa suunas, samas kui kinesiin on teine tsütoskeleti motoorne valk, mis liigub mikrotuubulite plussotsa suunas.
Tsütoskelett koosneb erinevat tüüpi filamentidest. Mikrotuubulid on nende hulgas üks tüüp. Nad juhivad materjali liikumist rakus. Need on olulised ka raku kuju säilitamisel. Peale selle on mikrotuubulid mitoosis ja meioosis kromosoomide eraldamisel üliolulised. Pealegi on mikrotuubulid mõnede eukarüootsete rakkude ripsmete ja lipsu põhikomponentideks. Struktuurselt on mikrotuubulid polaarsed struktuurid. Neil on pluss ja miinus lõpp. Üldiselt ulatub miinusots raku keskpunkti suunas, plussots aga rakupinna suunas. Vesiikulite ja organellide rakusisese transpordi ajal aitavad mikrotuubuleid kahte tüüpi tsütoskeleti motoorsed valgud. Need on dyneiinid ja kinesiinid. Dyneiinid liiguvad mikrotuubulite miinusotsa suunas, kandes samal ajal materjale raku keskele. Seevastu kinesiinid liiguvad raku pinna suunas, kandes materjale raku perifeeriasse.
