Peamine erinevus ultrahelitöötluse ja homogeniseerimise vahel on see, et ultrahelitöötlus on rakkude katkestamise tehnika, mis kasutab kudede ja rakkude häirimiseks helienergiat, samas kui homogeniseerimine on rakkude purustamise tehnika, mis rakumembraanide purustamiseks kasutab peamiselt füüsilist jõudu.
Biomolekulide, nende reaktsioonide ja muu rakusisalduse analüüsimiseks on vaja kudede häirimist rakkude vabastamiseks ja rakkude sisu vabastamiseks. Rakkude lüüsimise tehnikaid on erinevaid. Sonikatsioon ja homogeniseerimine on kaks sellist tehnikat. Sonikaator kasutab rakkude häirimiseks helienergiat või ultrahelilaineid, homogeniseerimine rakkude häirimiseks aga mehaanilist jõudu.