Peamine erinevus FISH ja CGH vahel on see, et FISH on molekulaarne tehnika, mis tuvastab kromosoomis spetsiifilise DNA järjestuse fluorestsentsmärgistatud sondide abil, samas kui CGH on teine molekulaarne tsütogeneetiline meetod, mis tuvastab muutused genoomses DNA-s.
Tsütogeneetiline analüüs mängib meditsiinis olulist rolli kromosoomide kõrvalekallete, näiteks aneuploidiate, deletsioonide, dubleerimiste ja ümberkorralduste jms avastamisel. Kromosomaalsed kõrvalekalded põhjustavad lõpuks selliseid geneetilisi haigusi nagu vähk, viljatus, Downi sündroom, Klinefelteri sündroom, Turneri sündroom, leukeemia jne. Eespool nimetatud defektide ja haiguste avastamiseks on olemas erinevad molekulaarsed tsütogeneetilised meetodid. Nende hulgas on FISH (fluorestseeruv in situ hübridisatsioon) ja CGH (võrdlev genoomne hübridisatsioon) kaks võimsat hübridisatsioonimeetodit. Mõlemal meetodil on aga plusse ja miinuseid.
