Peamine erinevus E. coli ja Pseudomonas aeruginosa vahel on see, et E. coli on fakultatiivne anaeroobne bakteriliik, mis kuulub perekonda Enterobacteriaceae ja perekonda Escherichia, samas kui P. aeruginosa on aeroobne bakteriliik, mis kuulub perekonda Pseudomonadadaceae ja perekonda Pseudomonas.
Nii E. coli kui ka Pseudomonas aeruginosa on gramnegatiivsed, vardakujulised ja liikuvad bakterid. Lisaks on need kapseldatud bakterid. Kuid E. coli on perekonna Escherichia liik, P. aeruginosa aga perekonna Pseudomonas liik.
