Feneetika ja kladistika peamine erinevus on organismide klassifitseerimisel kasutatud meetod. Fenetika klassifitseerib organisme morfoloogiliste ja struktuuriliste tunnuste alusel, kladistika aga organisme nende esivanemate ja evolutsiooniliste suhete alusel.
Organismide klassifitseerimine on oluline protsess bioloogilise mitmekesisuse ja bioloogiliste uuringute käigus. Taksonoomia hõlbustab erinevate süsteemide klassifitseerimist, aidates samal ajal organismide rühmitamisel ja rühmitamisel. Sellega seoses on organismide vaheliste suhete loomisel oluline roll feneetikal ja kladistikal.
