Peamine erinevus positiivse ja negatiivse ionisatsiooni vahel massispektromeetrias seisneb selles, et positiivne ionisatsioon moodustab positiivselt laetud ioone, samas kui negatiivne ionisatsioon moodustab negatiivselt laetud ioone.
Massispektromeetria ehk MS on analüütilise keemia tehnika, mis mõõdab ioonide massi ja laengu suhet. Selle tehnika lõpptulemus on massispekter, mis kuvatakse intensiivsuse graafikuna. Edasi joonistatakse see graafik massi ja laengu suhte funktsioonina. Massispektromeetria jaoks on meie kasutatav vahend massispektromeeter. Kui lisame oma proovi sellesse seadmesse, läbivad proovimolekulid ionisatsiooni. Siinkohal on õige ioniseerimistehnika valimine väga oluline, kuna sellel on lõpptulemusele suur mõju. Kui kasutame reaktiivgaasi, nt ammoniaaki, põhjustab see proovimolekulide ionisatsioonist sõltuvalt instrumendi seadistusest kas ainult positiivseid või ainult negatiivseid ioone.