Peamine erinevus ortoloogiliste ja paraloogsete geenide vahel on see, et ortoloogilised geenid on spetsifikatsiooni tõttu erinevatel liikidel leiduvad homoloogsed geenid ja nad täidavad sama funktsiooni. Seevastu on paraloogsed geenid dubleerimise tõttu ühe liigi sees olevad geenid ja neil võib olla erinev funktsioon.
Homoloogia on ühisest esivanemast põlvnemise protsess. Seetõttu pärinevad homoloogsed geenid tavalistest eellasgeenidest. Ortoloogilised ja paraloogsed geenid on kahte tüüpi homoloogseid geene. Ortoloogilisi geene leidub erinevatel liikidel. Nad on arenenud spetsifikatsiooni tõttu ja neil võib olla sarnane funktsioon. Seevastu paraloogseid geene leidub ühe liigi sees. Need on geneetilise dubleerimise tulemus ja neil võib olla erinevaid funktsioone.
