Genokoopia ja fenokoopia peamine erinevus seisneb selles, et genokoopiates näitavad fenotüübid sarnasust ja genotüüp muutub, samas kui fenokoopias fenotüübid varieeruvad ja genotüüp jääb muutumatuks.
Genokoopia ja fenokoopia erinevused on seotud geneetika haruldaste esinemiste selgitamisega. Need kaks mõistet demonstreerivad, kuidas traditsiooniline geneetika või Mendeli geneetika võivad looduse erandite põhjal erineda. Genokoopia viitab sarnase fenotüübi andmise fenomenile, hoolimata sellest, et tal on erinev genotüüp. Seevastu fenokoopia viitab fenotüüpide varieerumisele vaatamata genotüübi muutumatuks jäämisele.
