Peamine erinevus - Exome vs Transcriptome
Geen sisaldab kodeerivaid ja mittekodeerivaid piirkondi. Kodeerivad järjestused on tuntud kui eksonid ja mittekodeerivad järjestused on tuntud kui intronid. Geeni eksonite nukleotiidjärjestus tähistab spetsiifilise valgu sünteesimiseks geeni geneetilist koodi. Seega jäävad eksonid mRNA molekuli. Genoomi kogu eksonipiirkond on tuntud kui eksoom ja see on genoomi oluline osa. Geenide geneetiline kood muundatakse mRNA molekuli geneetiliseks koodiks, mis on vajalik valgu tootmiseks. Kogu rakus või rakupopulatsioonis korraga transkribeeritud mRNA molekule nimetatakse transkriptoomiks. Peamine erinevus eksoomi ja transkriptoomi vahel on see, et eksoom tähistab genoomi eksonipiirkondade järjestusi, transkriptoom aga raku või koe kogu mRNA-d antud ajahetkel.
SISU
1. Ülevaade ja peamine erinevus
2. Mis on Exome
3. Mis on Transcriptome
4. Võrdlus kõrvuti - Exome vs Transcriptome
5. Kokkuvõte
Mis on Exome?
Geenid koosnevad eksonitest, intronitest ja regulatiivsetest järjestustest. Eksonid on geenipiirkonnad, mis transkriptsiooni käigus transkribeeritakse mRNA järjestusse. Intronid ja muud mittekodeerivad piirkonnad eemaldatakse transkriptsiooni käigus. Eksonite nukleotiidjärjestus määrab selle kodeeritud spetsiifilise valgu sünteesiva geeni geneetilise koodi. Valgu mRNA-sse jäävad ainult eksonid. Eksonite kogu genoomis on tuntud kui organismi eksoom. See esindab osa genoomist, mis avaldub geenides. Inimestel moodustab eksoom genoomist 1%. See on inimese genoomi valke kodeeriv osa.
Joonis 01: Exome
Mis on transkriptoom?
Transkriptoom on kõigi valke kodeerivate ja mittekodeerivate transkriptide (RNA) kogum antud koes. Transkriptoom esindab kogu raku või koe geenide poolt ekspresseeritud mRNA molekulide kogu. Raku transkriptoomi saab varieerida teise rakutüübi transkriptoomiga. Transkriptoom on ka dünaamiline - see muutub aja jooksul vastuseks nii sisemistele kui ka välistele stiimulitele. Isegi samas koes või sama rakutüübi sees võib transkriptoom muutuda mõne minuti pärast.
Transkriptoom erineb organismi eksoomist. Transkriptoom sisaldab ainult ekspresseeritud eksoomijärjestusi. Ehkki raku eksoom jääb samaks, on transkriptoom rakkude vahel erinev, kuna geeniekspressioon pole kõigi rakkude või kudede puhul ühesugune. Erinevates rakkudes ja kudedes avalduvad ainult olulised geenid. Geeniekspressioon on koe- või rakutüübispetsiifiline protsess. Seda reguleerivad erinevad tegurid, sealhulgas keskkonnategurid. Seetõttu võib transkriptoom varieeruda sõltuvalt välistest keskkonnatingimustest.
Transkriptoomi kasutatakse proteoomika uuringute eelkäijana. Kõik valgud on saadud mRNA järjestustest. Translatiivsed modifikatsioonid võivad põhjustada muutusi valkudes. Transkriptoom annab proteoomiuuringute jaoks siiski olulise põhiteabe.
Joonis 02: Embrüonaalsete tüvirakkude transkriptoom
Mis vahe on Exome'il ja Transcriptome'il?
Erinev artikkel keskel enne tabelit
Exome vs Transcriptome |
|
| Exome on geenide valke kodeeriva piirkonna kogu. | Transkriptoom on kogu transkribeeritud RNA, sealhulgas mRNA, kogu. |
| Proov | |
| Exome'i uuritakse DNA proovi abil. | Transkriptoomi uuritakse RNA proovi abil. |
| Õppemeetod | |
| Kogu eksoomi järjestamine on eksome uurimise meetod. | RNA sekveneerimine on meetod transkriptoomi uurimiseks. |
Kokkuvõte - Exome vs Transcriptome
Eksonid on geenide kodeerivad järjestused ja määravad valkude mRNA järjestused. Nende kodeerivate järjestuste (eksonite) kogu on tuntud kui organismi eksoom. Geenid transkribeeritakse enne valkude valmistamist mRNA molekulideks. Raku või koe kogu mRNA molekuli teatud ajahetkel nimetatakse transkriptoomiks. Transkriptoom tähistab geene, mida igal ajal aktiivselt mRNA-s ekspresseeritakse. Transkriptoom on raku- ja koespetsiifiline ning mõjutab keskkonnatingimusi. See on erinevus eksome ja transkriptoomi vahel.
