Peamine erinevus apomorfia ja plesiomorfia vahel on see, et apomorfia viitab omadusele, mis on ainulaadne kladile ja mida leidub selle konkreetse klaadi kõigil järeltulijatel, samas kui plesiomorfia viitab tunnusele, mis esineb kladis, kuid ei pruugi olla kõik kladi liikmed.
Fülogeneetikas on kladistika ala, mis klassifitseerib organismid kladidesse või rühmadesse esivanemate poolt päritud tunnuste põhjal. See on väga usaldusväärne õppevorm, mis aitab analüüsida evolutsioonilisi ja fülogeneetilisi suhteid. Iga kladi omaduste, näiteks apomorfia, plesiomorfia, autapomorfia, sünapomorfia ja homoplaasia, kirjeldamiseks võib kasutada erinevaid terminoloogiaid. Nende hulgas on apomorfia ja plesiomorfia suhtelised terminid. Nendes uuringutes on arvutipõhine tarkvara Apomorphy ja Plesiomorphy omaduste ja omaduste uurimiseks tõesti kasulik.
