Peamine erinevus GFP ja EGFP vahel on see, et GFP on metsiktüüpi valk, mis on lisatud mitteimetajate rakkude molekulaarsesse kloonimisse, samas kui EGFP on täiustatud või muudetud GFP tüüp, mida saab kasutada imetajarakkudel.
Molekulaarne kloonimine on arenenud tehnika, mida teadlased kasutavad valkude ekspresseerimisel rekombinantse tehnoloogia abil tohutult. Rekombinantse DNA tehnoloogias on vaja rekombinantne vektor edukalt transformeerida peremeesorganismi jaoks. Seega tuleks transformatsiooniprotsessi käigus kindlaks teha ja kinnitada, kas huvipakkuv geen on peremeesorganismile transformeeritud või mitte. Selle hindamiseks võtavad molekulaarbioloogid kasutusele mitu tehnikat. Nendest tehnikatest on üks reportergeen. Need reportergeenid toimivad õigete transformantide valimiseks markeritena. Seega on roheline fluorestsentsvalk (GFP) ja tõhustatud roheline fluorestsentsvalk (EGFP) kaks reportervalku, mida kasutatakse molekulaarses kloonimisel.
