Peamine erinevus kromatiini ja kromosoomide vahel on see, et kromatiin on lahti harutatud ja lahti rullunud DNA, mis eksisteerib DNA ja histoonvalkude kompleksina, samas kui kromosoomid sisaldavad DNA topeltheeliksi kõrgeimat kondenseerunud struktuuri, et tüvirakud saaksid geneetilist materjali korralikult eraldada.
Kromatiin ja kromosoom on DNA topeltheeliksi kaks struktuuri kategooriat, mis esinevad raku erinevates etappides. Olemasolemiseks on hädavajalik pakkida kogu DNA, mis salvestab raku geneetilist teavet, eukarüootse tuuma. Seega on kromatiin rakus sisalduva pakendatud DNA tavaline vorm. Teiselt poolt on kromosoomid raku jagunemise ajal rakus kõige olulisemad struktuurid ja need sisaldavad geneetilist materjali DNA kujul. Seda seetõttu, et nad vastutavad päriliku teabe edastamise eest ühelt põlvkonnalt teisele. Autosoomidena ja sugukromosoomidena on kahte tüüpi kromosoome. Sugukromosoomid on sugu määramisel olulised, samal ajal kui autosoomid määravad muud omadused. Üldiselt ilmnevad kromosoomid rakkude jagunemise metafaasis.
